ФГБНУ «Тувинский НИИСХ» имеет тесные творческие связи с государственными, научными и образовательными учреждениями:

• Отделом растениеводства, земельных отношений, и технической политики Министерства сельского хозяйства и продовольствия РТ;
• Отделом животноводства, племенного дела Министерства сельского хозяйства и продовольствия РТ;
• Отделом заготовки и переработки сельскохозяйственной продукции и рыболовства Министерства сельского хозяйства и продовольствия РТ;
• Филиалом ФГБУ "Россельхозцентр" по Республике Тыва;
• ФГБНУ «Всероссийским научно-исследовательским институтом коневодства»;
• ФГБНУ Институтом экспериментальной ветеринарии Сибири и Дальнего Востока;
• ФГОУ ВПО Научно-исследовательским институтом ветеринарной генетики и селекции (НГАУ);
• ГНУ Сибирским научно-исследовательским институтом растениеводства и селекции;
• ФГБНУ «Сибирским научно-исследовательским институтом земледелия и химизации       сельского хозяйства»;
• ФГБНУ «Сибирским научно-исследовательским институтом кормов»;
• ФГБНУ «Сибирским научно-исследовательским и проектно-технологическим институтом животноводства»;
• ФГБНУ «Научно-исследовательским институтом аграрных проблем Хакасии»;              
• ФГБНУ «Красноярским научно-исследовательским институтом сельского хозяйства»;
• ФГБОУ ВПО Тувинским государственным университетом.

Научные разработки института освоены в хозяйствах Республики Тыва:

• Государственным унитарным предприятием «Бай-Тал»;
• Государственным унитарным предприятием «Малчын»;
• Государственным унитарным предприятием «Моген-Бурен»;
• Муниципальным унитарным предприятием «Деспен»;
• Муниципальным унитарным предприятием «Эйлиг-Хем»;
• Муниципальным унитарным предприятием «Сайыр»;
• Сельскохозяйственным производственным кооперативом «Амык»;
• Сельскохозяйственным производственным кооперативом «Бай-Хол»;
• Сельскохозяйственным производственным кооперативом «Алдын-Булак»;
• Обществом с ограниченной ответственностью МТС «Западная»;
• Обществом с ограниченной ответственностью АПК «Тывахолдинг»;
• Индивидуальными предпринимателями Боровиковым А.М., Санниковым М.А.;
• «Чербинским плодопитомником».

Международное сотрудничество:

• Институт эколого-технологического развития Монгольского государственного сельскохозяйственного университета
• Улаангомское отделение Научно-исследовательского института Растениеводства и земледелия Монголии (бывший Западный зональный Научно – исследовательский институт сельского хозяйства Монголии).